結論

RFC 6962によれば、ルートに信頼の連鎖がある証明書を登録することができるようです。
1. Informal Introduction

In order to avoid logs being spammed into uselessness, it is required that each chain is rooted in a known CA certificate.

3.1. Log Entries

Each submitted certificate MUST be accompanied by all additional certificates required to verify the certificate chain up to an accepted root certificate

ログサーバーへの証明書の書き込みは認証局以外も実施することができますが、以上の制約がある為、悪意ある人が自己署名証明書を作成して、CTログサーバーに登録しまくるようなことはできません。

概要

適当なCTログサーバー（今回はあえてTesttubeというログサーバーにします）について、どんなルートにチェーンする証明書の登録を許可しているか確認してみます。

Testtubeについての説明は、以下に記載される通りでテスト目的で運用されているログサーバーとなります。

www.certificate-transparency.org

These logs are intended for testing purposes only and will only log certificates that chain to a test root explicitly added to it.

調査

CTログサーバーが受け付ける、ルートの一覧は、次にアクセスすることで取得することができます： https://<log server>/ct/v1/get-roots
Testtubeであれば、https://ct.googleapis.com/testtube/ct/v1/get-rootsです。アクセスすると、証明書のPEMデータがJSONで取得できるのでIssuer部分を表示してみます。

239件ありましたが、数件挙げてみます。

Issuer
C=AE,O=TEST UAE Government,CN=TEST UAE Global Root CA G4 E2
C=AE,ST=Dubai,L=Dubai,O=Dubai Government,OU=DESC,CN=Dubai Root CA TEST
C=AT,O=A-Trust Ges. fur Sicherheitssysteme im elektr. Datenverkehr GmbH,OU=A-Trust-Test-nQual-04,CN=A-Trust-Test-nQual-04
C=AT,O=Bundesrechenzentrum GmbH,OU=BRZ CA,CN=Test BRZ CA Root 2017
C=AT,ST=Wien,L=Wien,O=e-commerce monitoring GmbH,OU=GLOBALTRUST Certification Service,CN=ECM TEST 2015
C=AU,ST=ACT,L=Lyneham,O=Verizon,OU=IAM Operations,CN=TEST ROOT CA
C=BE,O=GlobalSign nv-sa,CN=GlobalSign Non-Public Root CA - R3 SIT
C=BE,O=GlobalSign nv-sa,CN=GlobalSign Root E46 - staging
C=BE,O=GlobalSign nv-sa,CN=GlobalSign Root R46 - staging